众将见他态度坚决，也就不再多加言语。
于是，郑成功下令：“传令，全军早早开饭，今夜起航。”
六月三十日晚，郑成功亲率船队，冒着暴风雨，连夜强渡海峡。
与风浪搏斗了大半夜，四月一日拂晓，他们终于抵达北线尾岛北侧的鹿耳门港外。
船队一下锚，郑成功就换乘小船，由鹿耳门登上北线尾海岸，亲自踏看地形，并派出精良的潜水健儿潜入台江内海，侦察赤嵌城红毛的情况……
……
说起来，郑成功之所以选择在鹿耳门港突入，一是因为这里海岸曲折，航道狭窄复杂，而是他想先打赤嵌城（即普罗民遮城）。
尼德兰红毛重兵盘踞的热兰遮城，与赤嵌城之间有一个内港，叫做台江。
台江的西南面，有七座海中山屿相连，叫做七鯤鯓岛，每座山屿相距一里多，彼此毗连环护。
红毛修筑的热兰遮城，就在台江西侧的一鯤鯓岛上，一鯤鯓岛北面，隔海有一座名叫北线尾的小岛，其间的海面，就是大员港。
而北线尾的北侧，即是鹿耳门港，两处港湾正好被这座小岛隔开，红毛城头的火炮，够不到鹿耳门。
而赤嵌城则处于内陆，台江的东岸，两城相距十余里，互为犄角。
由于红毛在热兰遮城的防御很强，郑成功决定各个击破，先打相对薄弱的赤嵌城。