由于康熙皇帝又投入一支反藩的有生力量，南方反藩的战争急转直下，吴三桂的藩兵节节后退，形势一片大好。
眼看自己的力量渐渐削弱，处境变得越来越孤立，74岁的吴三桂似乎看到了自己暗淡的前景。这时候的吴三桂身体更弱，牙齿掉了一多半，每天使人沮丧的战报，是他的心情很坏，连走路也摇摇晃晃要人搀扶了。
这时候，他起事已经五年了，然而他的野心还在恶性膨胀，他甚至在想：我的势力一天不如一天，身体也很差，看样子就是打到京城，也做不成皇帝。正好明朝皇族也已灭绝，我何不做一回皇帝过过瘾呢？
于是，在1678年，也就是康熙十七年，吴三桂终于扯下“反清复明”的遮羞布，公然在衡州筑坛，祭告天地，穿上了黄袍，做起了皇帝。吴三桂下令改元昭武，并大封大臣将军，一时，文武将官满天飞。
吴三桂是临时策划当皇帝的，时间很仓促，弄得一切都很匆匆了事，连殿瓦都来不及换一换，就简单地刷了黄漆，搭了几百间庐舍算是朝房。
吴三桂就这样就要登上皇位了。三月十五日那天，是吴三桂“登基”的日子。一时，朝乐四起，香烟缭绕，大有开国之风。
可是，怪事连连。仪式开始时，还万里无云的晴朗好天气。吴三桂刚坐上“龙位”，一切静谧的境况都变了：一阵狂风吹来，黑压压的云彩挤满了刚才还是晴空万里的天空，一场票盆大雨突然而至。
立时，仪式上的一切都被淋在雨中了，变得狼藉一片：朝房被雨水冲倒了，瓦上的黄漆也被雨冲刷掉了。吴三桂看着这不祥的一切，神情很是沮丧。也许天不容我如此做作，难道老天是在有意亡我？
也是凑巧，凑巧这时候他刚任命的执事官向他禀报：军队在战场上被康熙的军队打得大败。这个坏消息在吴三桂听起来，是那么不吉利，像是在给他敲响了丧钟！
吴三桂听罢又气又惊，一口上不来，往后便倒。从此他再也没起来，他中风了！
本来，登基是他的好时候，可也是他的坏时候，在登基的时候中风，也许就是吴三桂的天数！
从此吴三桂就病倒了。他时而发冷，时而发热，吃不下也喝不下，还发烧说胡话：一会儿喊“皇上饶命！”一会儿喊“永历皇帝饶命！”，一会儿喊“崇祯皇帝饶命！”弄得“太医”都素手无策。
8月17日，吴三桂终于结束了他丑恶的一生。按照吴三桂的生前安排，他的孙子吴世璠继承他的“皇位”。吴世璠继承吴三桂的衣钵，继续与大清朝对抗，拒不投降。
战争还在继续。但是，参战清军的精神面貌明显不一样了。清军将士们一听说吴三桂死了，感到胜利在望，就人人争先，个个奋力，而叛军的情况就不同了，吴世璠还是个孩子，根本没有统御下属的能力。而下属们也一看吴三桂已死，知道大势已去，就纷纷投降大清。
这样，叛军的势力越来越弱，地盘也越来越小。最后就剩下云南一省了。
康熙连连接到战报后，心里很高兴。虽然国家的财物消耗很多，人员伤亡很多，但是，平叛战争就要胜利了，三藩这个大清国的毒瘤终于要铲除了。朝廷从此要走向健康辉煌了，祖辈没有做到的事情，他康熙就要做到了。
平叛战争就要得到最后胜利了。需要再接再厉，一鼓作气，继续努力。但是，康熙又想到，平叛战争已经历时快七年，将士们也许已经厌战。这个时候要不是赏罚分明，必定涣散军心。康熙联想到过去战争中有些人的一贯表现，心里有了主意。
于是，康熙皇帝下令让在平叛前线作战的顺城君王勒尔锦、简亲王剌布，贝子洞鄂、贝勒尚善等回京，说他们作战不力，劳师误国，一律治罪。其实康熙心里隐隐在作痛，为了取得战争的最后胜利，他们就做一点牺牲吧。
康熙又下旨，因康亲王杰书和安亲王岳乐在外久劳，作战有功，遂召还京师加以重用。这样，康熙皇帝就有了赏罚分明的美誉。
康熙皇帝又发一道谕旨，目的是借以安抚军民。大意是战时军队的所有借贷，战后一定返还，还有战时的功臣，战后一定lùn_gōng行赏。
康熙皇帝的这一招很见功效，君命一下达，将士们都格外效命。但是，昆明城吴三桂经营多年，城墙很坚固，不易攻破。康熙皇帝发了狠招，命人借助洋人的力量造了许多火炮，悉数运到昆明城下，填下炮弹，齐射出去。然后，清军有加紧了攻城的力度。
这是古代战争最厉害的攻城手段。至康熙二十年十月，清兵一举攻下了叛军占领的昆明城，大势已去的严世璠只得选择自杀。至此，历时八年之久的三藩之战终于一朝廷的胜利而结束。
紧接着，康熙下手治理其他两藩，这就容易得多了。康熙命人把尚之信和耿精忠押解到京城，一律处死。
平定三藩的战争是康熙皇帝在清初发起的一场历时八年之久的战争。在这次战争中，表现了康熙皇帝卓越的军事才能，良好的精神素质，远大的战略眼光。
这次战争其实康熙是很难的，客观上来说，三藩有强大的军事势力，他们占据南方最富裕的区域。而且其时正逢察哈尔王也叛变朝廷。康熙处于两面作战的危险境地。但是，康熙皇帝有很强的调配和指挥能力，灵活的驾驭人的特别艺术。最后取得了战胜三藩的伟大胜利。
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