西路军由安北将军费扬古率领，抽调甘肃、陕西、宁夏、内蒙古中西部地区的5万多人组成西路军，从宁夏和归化出发，争取截断葛尔丹的退路。
东路军由黑龙江将军萨布素率领，率盛京、乌拉、黑龙江和内蒙古东部地区的1万多人，进驻克鲁伦河的下游地区，防止葛尔丹进入东部草原地区和兴安岭地区。
因为这是长途奔袭，康熙皇帝特地嘱咐，每人要携带80天的口粮，每人要带4匹马，和一个马夫。
清军开始了剿灭葛尔丹的征程。
清军中路军在康熙的指挥下，浩浩荡荡地从京城出发，边搜索葛尔丹，边前进。
康熙的中路军越过大漠，抵达科图时，遇到了葛尔丹军的前锋。这时候，东路军和西路军都没有到达。中路军有被葛尔丹军包围的危险。
这时候，随行的大臣都害怕，特别是听说葛尔丹军配备有沙俄的洋枪洋炮时，有人劝康熙：“皇上，这里太危险了，咱们还是回去吧。”
康熙皇帝很镇静，他怒斥那些胆小鬼：“朕这次出征，没有遇到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？再说，中路军一退，叛军将全力对付西路军，西路军不是很危险吗？必须继续向前进军！”
康熙皇帝的中路军进入预定的作战地区后，葛尔丹看见康熙大军的帐篷错落有致，驻扎的很得体。葛尔丹感叹了一声：“康熙很懂治军之道啊。”因此葛尔丹心虚了，不敢和康熙正面交锋，连夜拔营撤退。
康熙皇帝估计西路军已抵达预定地点，康熙皇帝下令中路军单独向葛尔丹军发起攻击。
同时，为了给西路军争取时间，康熙皇帝派使者到葛尔丹军营，告知他康熙皇帝已经到此，并释放了以前被俘的葛尔丹军。这对于葛尔丹相当于进行了恩威并施的教育。
经过一阵准备，清军完成了战斗队列，康熙皇帝骑在马上，行进在队列前进行巡视。
狡猾的葛尔丹命令部队向西转移，于是葛尔丹从清军的视线里消失了。
清军一时找不到葛尔丹的踪影，康熙下令全军追击。康熙命内大臣马思哈为“平北大将军”，率一支精骑队伍继续追击葛尔丹，中路军准备返回。
找到葛尔丹的是大将费扬古。6越22日，费扬古率西路军1万4千人经过艰难行军，进抵昭莫多，并在特勒尔济山口发现葛尔丹军的行踪。
当时西路军按照康熙的旨意，边搜索边前进，经过长途跋涉，这时候士兵疲劳困顿，战马无力驰骋进行战斗。只得守着葛尔丹，费扬古只好命令他的军队在距昭莫多依稀15里的树林里扎营。
当时费扬古的军队扎营很有趣，是围绕着葛尔丹军扎的营。另外，费扬古率领步骑兵凭山丘列阵于葛尔丹军外面。所有的清军在费扬古的指挥下，埋伏于葛尔丹军外面。所有的阵势都已列完，费扬古叫一部分兵力，去引诱葛尔丹军前来。
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